Arme Ultime Chisé est une jeune lycéenne très timide. Mais elle est parvenue à révéler à Shûji, un garçon de son lycée, qu'elle est amoureuse de lui. Un jour, une attaque aérienne tombe sur la ville, Shûji perçoit alors dans le ciel une vive lumière détruisant les avions ennemis. Une fois la lumière descendue à terre, il a une vision qu'il n'oubliera pas de si tôt : celle de Chisé avec une énorme arme à la place de son bras droit....il découvrira que Chisé est en réalité l'Arme Ultime de l'armée de son pays.